Reprodüksiyonu etkileyen hastalıklar, hastalık etkenine göre birçok şekilde ortaya çıkabilmektedir. Erken embriyonik ölümler, abortlar, zayıf buzağı sendromu ve geciken gebelik sık görülen klinik senaryolardır. Ancak asıl sonuç buzağıların daha düşük sütten kesim ağırlığına sahip olmasıdır. Daha zayıf ve verimi düşük olan bu buzağıların satışında da süt çiftliği için ekonomik kayıp söz konusudur. Sürü yönetim programı yardımıyla veteriner hekimler ve üreticiler birlikte çalışarak maruz kalınan enfeksiyöz etkenler, doğum aralığında kaybedilen zaman, tanısal bilgiler ve sürü üretkenliği arasındaki ilişkiyi daha net görebilmektedir. Bu sayede işletmeler için reprodüktif patojenlere bağlı kayıpları azaltacak kapsamlı aşı programlaması düzenlenebilir.
Sürü sağlığı yönetimi yapısı oluştururken tanısal verilerden yararlanılması kritik önem taşımaktadır. Programda kullanılacak aşıların seçimi sürüdeki belirli patojene ya da o coğrafik bölgede tanımlanmış risklere bağlıdır. Reprodüktif patojenler çoğunlukla gebeliğin çeşitli evrelerine özel görüldüğü için gebelik kaybının zamanı ya da kategorisine karar vermek önemli olmaktadır. Klasik olarak bu kategoriler; erken, orta, geç gebelik dönemi ve peripartum olarak tanımlanabilir. Gebelik kaybının ne zaman olduğuna karar vermek, bu kayıpların etiyolojisini anlamak için önemli olmakta ve aşı programlaması oluşturulmasında başlangıç noktasını belirlemektedir. Bu noktada Sürü yönetim programı yardımıyla tutulan veriler incelenerek sürü genelindeki probleme doğru yaklaşım sergilenebilir.
Çiftlik sahiplerinin, veteriner hekimlerin ve tanı laboratuvarı çalışanlarının iyi iletişim içerisinde olmaları abort vakalarına sistematik yaklaşım için gereklidir. Tanı laboratuarına tam örnekleme ile birlikte sürünün geçmiş bilgilerini içeren yeterli bilgilendirme yapılması kesin tanı için oldukça önemli olmaktadır. Ancak yine de abort çalışmaları masraflı ve bazen memnun etmeyen bir tarafı olabilmektedir. Her ne kadar enfeksiyöz etkenler, abortların kaynağının büyük bölümünü oluştursa da tek nedenin mikroorganizmalar olmadığını hatırlamak gerekir. Enfeksiyöz olmayan nedenlerle de abort meydana gelebilir. Beslenme, vitamin ve mineral madde yetersizlikleri, genetik bozukluklar, hormonal dengesizlikler, yanlış ilaç-hormon uygulamaları, zehirlenmeler, travmatik nedenler, yüksek ateşle seyreden hastalıklar, yavru sayısının fazla olması, alerjik reaksiyonlar ve psişik sebepler gibi enfeksiyöz olmayan nedenlerle abort şekillenebilir. Bu gibi durumlarda abort nedeninin bulunmasında ve bu tip abortların önüne geçilmesinde doğru sürü sağlığı yönetimi ve sürü yönetim programı kullanmak oldukça yararlı olmaktadır. Örneğin kayıtlar düzgün tutulduğunda ilaç-hormon uygulamaları öncesinde sistemden hayvanın gebelik durumu yetiştirici tarafından kontrol edilebilir.
Üreme performansını düşüren ve gebelik kayıplarına neden olan hastalık etkenlerine karşı sürülerinin aşı programlaması planlanırken, düşünülmesi gereken birçok önemli faktör bulunmaktadır. Sürünün risk düzeyi hesaplanırken, sadece potansiyel etkenlerin giriş noktası olarak değerlendirilmemeli; aynı zamanda çiftlikteki farklı sürü gruplarında olan mevcut hastalık seviyesinin, çiftleşmenin, gebelik döneminin ve aşının potansiyel yan etkilerinin de dikkate alınması gerekir. Her bireyde her patojene karşı tam koruma sağlanması gerçekçi olmamakla birlikte, amaç popülasyondaki duyarlı hayvan sayısını azaltmaktır. Bu sayede salgınların ve sürüdeki kronik endemik kayıpların görülmesi önlenebilecektir. Dolayısıyla, aşı programlaması bireysel değil belli gruptaki hayvanların geneline uygulanır.
